蛋白質(zhì)組一詞源于蛋白質(zhì)與基因組兩個詞的組合，意指“一種基因組所表達的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征，包括蛋白質(zhì)的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關于疾病發(fā)生，細胞代謝等過程的整體而的認識。
　　近兩年來蛋白質(zhì)組研究技術已被應用到各種生命科學領域，如細胞生物學、神經(jīng)生物學等。在研究對象上，覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍，涉及到各種重要的生物學現(xiàn)象，如信號轉(zhuǎn)導、細胞分化、蛋白質(zhì)折疊等等。在未來的發(fā)展中，蛋白質(zhì)組學的研究領域?qū)⒏訌V泛。
　　在應用研究方面
　　蛋白質(zhì)組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標有效的方法之一。在對癌癥、早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治療方面蛋白質(zhì)組技術也有十分誘人的前景，目前上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進行蛋白質(zhì)組學方面的應用性研究。
　　在技術發(fā)展方面
　　蛋白質(zhì)組學的研究方法將出現(xiàn)多種技術并存，各有優(yōu)勢和局限的特點，而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發(fā)展新方法外，更強調(diào)各種方法間的整合和互補，以適應不同蛋白質(zhì)的不同特征。另外，蛋白質(zhì)組學與其它學科的交叉也將日益顯著和重要，這種交叉是新技術新方法的活水之源，特別是，蛋白質(zhì)組學與其它大規(guī)模科學如基因組學，生物信息學等領域的交叉，構成組學（omics）生物技術研究方法，所呈現(xiàn)出的系統(tǒng)生物學（SystemBiology）研究模式，將成為未來生命科學令人激動的新前沿。